北京市公立医院改革试点方案，明确了“两个分开”、“三个机制”和服务模式创新等6项综合改革任务，又具体分解为16个专项任务和44个具体任务。
第三方评估机构首先依照任务清单对改革进度进行了评估，采用未启动、部分启动、全部启动和完成四个标准。从评估结果看，改革任务推进上总体顺利，6项综合任务均已部分启动，而由于种种原因试点方案中医保参与药品耗材集中采购、价格谈判机制和探索实行院长年薪制等6项具体改革任务尚未启动。
评估报告的重点是改革试点成效的评估，第三方评估的结论是改革试点在6方面取得了成效：患者负担减轻、医务人员收入提高、医院治理更完善、现代医疗管理体制建立、联动补偿机制建立和改善服务的积极性提升。
在试点医院的改革中，患者首先得到了益处。评估报告对此给出了数据结论，即改革后，试点医院患者次均药费下降明显，同比下降幅度达到了26.3%。即使剔除15%的取消药品加成因素，仍有13%以上的费用降幅。更为重要的是，患者用药的合理性得到了提高。
第三方评估机构采用了处方不合格率、药占比和人均药品费用三个直接和间接指标来衡量用药合理性。结果显示，试点医院的三个指标均明显下降。以最为直观的处方不合格率为例，将2012年12月为改革分界点，试点医院月均处方不合格率由4.87%下降到了2.62%。
第三方评估报告认为，在患者满意度提高的同时，医务人员的满意度也有提高。尤其是由于改革的重要思路是要体现医务人员的劳动价值，试点期间各医院医务人员收入都有明显提高。
比如北京市友谊医院医务人员绩效收入比去年平均增长了30%，朝阳医院外科系统临床科室绩效奖金较改革前增加了40%-50%。而其它试点医院医务人员的收入改革后大多增加了30%，最小增幅也在20%以上。
更为重要的是，第三方评估报告认为，北京公立医院改革在体制机制改革和建设方面亦取得了突破。
2011年成立医管局探索管办分开，2013年友谊和朝阳医院建立决策、执行、监督三权分离的法人治理结构。“有利于多元办医的医疗管理体制已经建立。”王宏志说，“北京的现代医院管理制度已经有了‘形’，尽管离‘神形俱备’还有距离，但毕竟迈出了改革的一步。”
与此同时，北京从2011年起在试点医保总额预付、按病种付费等支付方式改革。第三方评估报告认为，支付方式和医药分开改革在试点医院建立起了新的补偿机制，使原有的鼓励过度医疗和过度用药的激励机制发生了改变，医院主动控制成本的动机增强。
同仁医院院长伍冀湘曾在接受21世纪经济报道记者采访时就指出，“总额预付的目标是控制医药费用不合理过快增长，而医院为实现这个目标就必须在管理方面做出巨大改进。”据记者了解，改革后试点医院对医生处方的管理确实加强了，对不合理处方的惩戒也更严厉。
第三方评估机构还对改革前后医院和医生的利益关系进行了分析。
“长期以来，药品生产企业、流通企业、医院和医生形成了利益共同体，多用药对各方都有利。北京的改革试点改变了原有的利益格局，医院已经转变成无序用药、过度用药和滥用药等行为的制衡力量。”王宏志说。
北京公立医院改革最重要的意义在于，它在行政、市场两派僵持不下、地方改革思路不明朗的大背景下，探索出了一条政府主导与市场机制相结合的“北京模式”。
“北京模式的主要特征体现在改革路径和补偿机制上。”王宏志说。
行政派强调公立医院的公益性，认为当前的弊端是公立医院太过追求利益，而失去了公益性。行政派主张的改革核心是政府财政加大对公立医院的投入力度，改变医院的趋利性。
与此不同，市场派认为行政部门的不当管制，医疗市场竞争不充分是问题症结所在。市场派认为，应该对公立医院进行私有化改革，同时取消对药品和医疗服务的价格管制。
在改革思路始终无法达成共识的情况下，公立医院改革进展迟缓，各地方大多围绕县级医院和药品采购做文章。
北京公立医院改革选择了另一条路径。“北京市公立医院改革试点方案可以概括为在改革医保支付方式、实现医药分开的同时，对公立医院实施去行政化改革、促进社会办医，使各类医院平等参与竞争。”王宏志说。
北京探索医疗保险付费方式改革，按照“总额预算、定额管理、基金预付、结余奖励、超额分担”的原则，实施医保总额预付，医院节约的医保基金可以留用，大大提高医院加强管理、控制医疗费用的积极性。目前医保总额预付已在全市196家二级以上医院全面实施；按病种付费（DRGs）也已经在6家医院进行了试点。
王宏志表示，北京去行政化改革主要体现在法人治理和编制管理上，通过简政放权、管办分开，医院的独立法人地位初步建立，通过实施编制总额管理，编制管理开始松动，医院的用人自主权有所增加。
尤其是在医药分开领域，北京模式突破了此前多地在取消药品加成后遭遇的困境。在不少地方推进药品零加成过程中，如果严格实行零差率医院就没有议价动力，如果接受返利则使零差率名存实亡。诸如有些地方采取的零加成加红十字会接受企业返利的做法，甚至被学者斥为伪改革。
北京的突破则在于改变了公立医院的补偿机制，通过取消药品加成与总额预付捆绑实施，药品由医院的利润来源变为成本来源。第三方调查发现，改革后医院要求自主采购、降低药品采购价格的呼声很高，医院议价动力更强了。医院降低采购价格就直接能获益，不需通过返利方式。
“尽管北京的药品采购方式改革还没有实施，但医药分开与总额预付这一政策组合使价值规律和价格机制依然发挥作用，这是北京在理论创新上的一大贡献。”王宏志说。
此外，总额预付与医药分开政策联合使用还产生了“取长补短”的效果，第三评估机构采用分组对照研究的方式证实，在降低患者负担方面两个政策何用产生了叠加效果，医药分考政策还抵消了总额预付减少服务的激励。